经过一个多月的测试，威风网络科技公司开发的网络游戏《终极战》表现完美，得到玩家的热捧。然而没过多久，该公司总经理方明却遭遇离奇车祸身亡。方明深夜驱车行驶至某无人道口时，汽车突然熄火，车门反锁。火车因巨大惯性刹车不及，车祸现场惨烈。
三江市公安局网络侦查科走访期间发现，方明遇害当天，他的办公室电脑被黑，黑客警告方明，“游戏是人类堕落的根源。”威风公司技术总监石慧，精明强干，她告诉警方：“那晚九点三十七分，我们公司受到来自互联网的攻击。对方唤醒我们的主动防御后，把木马病毒植入我们的防火墙。”
公安干警取得病毒代码，经过分析，认定其与李吉有关。李吉是不久前被破获的一起传播网络病毒案的犯罪嫌疑人，是一名16岁的电脑天才。干警王小妮也是一名电脑专家，她知道，每个黑客都有自己习惯的编码方式，类似于指纹。可是在少管所，李吉却断然否认病毒和自己有关。不过他表示，这个病毒使用了自己的一组核心编码，他可以解开，条件是换取减刑。
为防止威风公司主机再被黑客入侵，警察将其接入公安局网络。果然没过多久，黑客再度发起攻击，网络侦查科干警闻讯出动，队长安威同时电话通知特警出动。然而循着黑客IP地址找到某网吧时，犯罪嫌疑人早已逃走。原来此人手段极其高明，他侵入电话局，盗接了安威
打给特警的电话。
李吉再次提供了一条有价值的线索，有人经常在网上向他购买“肉鸡IP”名单，他曾特别要求改动代码，此人嫌疑很大。李吉在邮箱里挂上自己编写的“精灵”程序，它会自动追踪每一个给他写邮件的人的地址。合作过程中，女警孙琳琳发现李吉情绪有异。果然，趁众人忙乱之际，李吉从公安局逃走。但没过多久，干警们就在网吧里又找到了他。李吉无奈说了实话，原来他已经和黑客联系上，但这个人绑架了与自己相依为命的弟弟李哲，所以自己不敢再和警察合作。
干警们调动聪明才智，最终使用远程控制的办法，打开了李哲随身携带的Ipad。通过Ipad摄像头传来的环境图片，警察很快确定黑客位置，并将他捉拿归案。然而令所有人意外的是，黑客声称自己并非幕后主使，另有人通过网络操纵他做这一切。警察通过顺藤摸瓜，终于找到了深藏幕后的真凶，原来她竟然是威风公司的技术总监石慧。她杀害方明以及试图摧毁整个网络的目的只有一个，为她少年早夭的儿子报仇。当年她13岁的儿子深陷网络游戏不能自拔，面对母亲的严厉管教，竟然跳楼身亡。
从形式上看，《骇客》是一部传统的悬疑侦破片，从一件离奇的案件出发，通过抽丝剥茧般的调查和推理，最终找出真凶；但从内容上来看，它又迥异于传统的侦探电影，因为涉及到高科技网络犯罪，在警察的侦查和犯罪分子的反侦查之间，更多较量的是智力、技术和学识。对于看惯传统侦探片的观众来说，《骇客》无疑会让他们大开眼界。《骇客》另一层可供玩味之处在于，虽然科技日新月异，但人性几乎从未改变，贪婪、复仇、自大、残忍、软弱……这些人性的阴暗面有时甚至会被高速发展的科技放大。《骇客》提示我们要时刻保持警醒。
